Filogenia de fungos toxigênicos
ARTIGOS EM PERIÓDICOS:
1
Cryptic speciation and recombination in the aflatoxin-producing fungus
Aspergillus flavus
DAVID
M. GEISER, JOHN I. PITT & JOHN W. TAYLOR
Proc.
Natl. Acad. Sci. USA, 95: 388-393, 1998.
Este excelente trabalho faz uma discussão detalhada acerca da importância
de estudos filogenéticos em fungos toxigênicos. Através da análise de
algumas seqüências genéticas de isolados de Aspergillus flavus, infere a
existência de recombinação genética nessa espécie, embora não possa
explicar como ela ocorre. A qualidade do trabalho pode ser atestada pela análise
crítica e as ressalvas quanto ao próprio estudo feito, demonstrando uma
postura cautelosa e ponderada.
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2 Clustering
of trichothecene-producing Fusarium strains determined from 28S ribosomal DNA
sequences
GIUSEPPINA
MULÈ et al.
Applied
and Environmental Microbiology, 63(5): 1843-1846, 1997.
É o primeiro trabalho que correlaciona
os resultados de uma filogenia com o potencial toxigênico dentro do Gênero Fusarium. Simples e curto, mas bastante emblemático de como os estudos filogenéticos
podem ser úteis na micotoxicologia. Sua idéia principal serve como inspiração
para estudos com outros fungos toxigênicos.
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3 Identification
by PCR of Fusarium culmorum strains producing large amounts and small amounts of
deoxyvalenol.
B.
BAKAN et al.
Applied
and Environmental Microbiology, 68(11): 5472-5479, 2000.
Neste artigo os autores conseguem
identificar, através de análises filogenéticas, o grau toxigênico de um
fungo. Mais recente que o anterior e com uma abordagem mais rica em termos de
caractere usado, seus resultados são
bastante estimulantes, embora infelizmente nem todos sejam mostrados claramente.
Complementa a referência anterior.
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4 .
Developing nem characters for fungal systematics: an experimental approach for
determining the rank of resolution.
LINDA
M. KOHN
Mycologia,
84(2):139-153, 1992.
Um ótimo trabalho sobre a questão da escolha do caractere a ser usado
em uma análise filogenética ou fenética. Texto objetivo que traz discussões
importantes, como o grau de resolução do caractere escolhido e o atual
confronto entre os antigos caracteres utilizados (morfológicos e bioquímicos)
e os novos caracteres (caracterizações moleculares de ácidos nucléicos). Além
disso, carrega uma boa revisão bibliográfica com trabalhos-chave sobre o tema.
5 . Molecular genotype analysis of natural
toxigenic and nontoxigenic isolates of
Aspergillus
flavus and A. parasiticus.
N.
TRAN-DINH; J.I. PITT & D.A. CARTER
Mycological
Research, 103(11):1485-1490, 1999.
Apesar de ser específico para o gênero
Aspergillus, constrói um modelo interessante de análise de cepas toxigênicas
e não toxigênicas e discute os riscos de se utilizar cepas não toxigênicas
como controle biológico. O texto é conciso e bem claro, servindo de ponto de
partida para o debate sobre esse tipo de controle.
6 . Hibridization of genes involved in aflatoxin
biosynthesis to DNA of aflatoxigenic and
non-aflatoxigenic
Aspergilli.
M.A.
KLICH et al.
Applied
Microbiology Biotechnol., 44:439-443, 1995.
Contém uma breve discussão sobre as causas de cepas de Aspergillus que
contêm os genes para a síntese de aflatoxina não serem produtoras. Instigante
tanto para a questão do controle biológico citado na referência anterior como
para a escolha de caracteres para se fazer uma filogenia.
7 . The evolutionary biology and population
genetics underlying fungal strain typing.
JOHN
W. TAYLOR et al.
Clinical
Microbiology Reviews, 12(1):126-146, 1999.
Artigo excepcional que faz uma revisão extensa de várias técnicas de
caracterização para o estudo do comportamento de populações e sua estrutura.
Discute o complicado tópico da reprodução dos fungos e suas conseqüências
para a genética de populações. Além disso, traz exemplos de cinco grupos de
fungos específicos, incluindo Aspergillus flavus e Aspergillus parasiticus. Uma
referência fundamental para qualquer estudo de filogenia de fungos.
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8 Molecular
epidemiology of HIV transmission in a dental practice.
CHIN-YIH
OU et al.
Science,
256:1165-1171, 1992.
Embora seja um trabalho de virologia, mostra de forma convincente a
importância que estudos filogenéticos podem assumir atualmente. O trabalho é
uma investigação epidemiológica da transmissão da AIDS de um dentista a vários
pacientes. Graças a estudos filogenéticos, foi possível afirmar de maneira
conclusiva que essa transmissão havia ocorrido. A partir dele, a prática
odontológica nos Estados Unidos sofreu modificações visando minimizar ao máximo
o risco de contágio entre dentistas/médicos e pacientes. Apesar de questionado
por alguns pesquisadores na época, foi revisto posteriormente por HILLIS e
colaboradores que confirmaram os dados iniciais e suas conclusões.
9 Genetic
similarity among one Aspergillus flavus strain isolated from a patient who
underwent heart surgery and two environmental strains obtained from the operate
room.
TERESA
M. DIAZ-GUERRA et al.
Journal
of Clinical Microbiology, 38(6):2419-2422, 2000.
Artigo bastante recente que ilustra a importância de estudos que traçam
as relações evolutivas entre microrganismos. Trabalhando com o Aspergillus
flavus, os autores conseguem rastrear a fonte de uma infecção com base em uma
caracterização pela técnica de RAPD. Segue uma linha semelhante ao anterior.
A despeito de não ter um enfoque micotoxicológico, aproxima a questão de
maneira muito sugestiva.
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10 . Application and accuracy of molecular
phylogeny
DAVID
M. HILLIS et al.
Science,
264:671-677, 1994.
Contém a revisão feita por Hillis do trabalho 6 e uma discussão acerca
de filogenias baseadas em simulações e aquelas fundamentadas em experimentos.
Além disso, discute a questão do peso dos caracteres, enfatizando que melhores
filogenias são encontradas quando se faz uma repesagem dos caracteres.
11 . Biology recapitules phylogeny
DAVID
M. HILLIS
Science,
276:218-219, 1997.
Artigo curto em que HILLIS contextualiza a filogenia na nossa época
atual e tece considerações sobre as perspectivas de seu uso no futuro.
12 Principles
and applications of methods for DNA-based typing of microbial organisms.
D.
MICHAEL OLIVE & PÁMELA BEAN
Journal
of Clinical Microbiology, 37(6):1661-1669, 1999.
Não é específico para fungos e nem de
longe tão completo quanto a referência 7, mas traz vários métodos atuais de
tipificação e caracterização passíveis de serem utilizados em filogenia.
Discorre sobre técnicas como o RAPD, RFLP, AFLP, PFGE e seqüenciamento, dentre
outras. No caso do seqüenciamento, faz uma análise crítica extremamente lúcida
sobre as dificuldades e limitações desse tipo de técnica, que ultimamente tem
sido vista como futuro inevitável para a filogenia dos fungos. Uma abordagem
objetiva faz dele um texto bastante panorâmico do assunto.
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13 The
molecular basis of evolution
ALLAN
C. WILSON
Scientific
American, 253:164-173, 1985.
Pensar a vida sem a idéia da evolução não faz sentido. É uma referência
geral sobre as bases moleculares da evolução, um foco que não pode faltar em
um estudo filogenético.
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14 Vegetative
compatibility and genetic diversity in the Aspergillus flavus population of a
single field.
PAUL
BAYMAN & PETER J. COTTY
Canadian
Journal of Botany, 69:1707-1711, 1991.
Faz uma interessante discussão sobre a
diversidade genética do Aspergillus flavus, conduzindo o leitor a especulações
instigantes sobre a origem da diversidade e seu significado. Rico em detalhes
difíceis de se encontrar em outros trabalhos do gênero.
15 Benefactor's
Lecture: the impact of molecular biology on mycology.
ROBERT
L. METZENBERG
Mycological
Research, 95(1):9-13, 1991.
Embora com mais de uma década, este
artigo contém uma visão global que permanece válida. Uma olhada para o
progresso na micologia revela que os avanços nem sempre foram tão coesos e
ordenados como as predições do autor tentam prever. Algumas orientações
originais podem ser colhidas aqui.
16
Developments in fungal taxonomy.
JOSEP
GUARRO, JOSEPA GENE & ALBERTO M. STCHIGEL
Clinical
Microbiology Reviews, 12(3):454-500, 1999.
Extenso e detalhado trabalho que não se detém exclusivamente na
taxonomia pura e simplesmente. Faz uma comparação das principais técnicas de
caracterização dos fungos, com destaque para a tradicional morfologia e para
as recentes técnicas moleculares. Discute propostas de se classificar os fungos
com critérios filogenéticos e os problemas e vantagens que tal classificação
carrega. Várias alterações recentes na sistemática dos fungos são expostas.
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17 Use
of whole genome sequence data to infer Baculovirus Phylogeny.
ELISABETH
A. HERNIOU et al.
Journal
of Virology, 75(17):8117-8126, 2001.
Mais um trabalho que não é da área de
fungos, mas que contém uma nova e interessante abordagem filogenética: construção
de relações evolutivas com base em TODO o genoma do microrganismo. Isso difere
das abordagens tradicionais que fazem uso de técnicas específicas ou da análise
de pequenos trechos do genoma. Embora possamos estar ainda um pouco longe da
facilidade de se seqüenciar um genoma inteiro de um eucarionte com rapidez, os
atuais avanços técnicos acenam com essa possibilidade no futuro.
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LIVROS
18
. Biologia molecular e evolução
SÉRGIO
RUSSO MATIOLI (ED.)
Holos
Editora.
Reúne vários autores que, de maneira simples e didática, explicam as
bases dos estudos filogenéticos. Este é o livro ideal para quem deseja
iniciar-se no campo da filogenia.
19 . Evolutionary Analysis
SCOTT
FREEMAN & JON C. HERRON
Prentice
Hall, New Jersey, 1998.
Excelente livro sobre análise filogenética. Bastante completo e muito
didático.
20
. Biologia Evolutiva
DOUGLAS
J. FUTUYMA
Sociedade
Brasileira de Genética, 1997.
Texto básico sobre evolução. . Enfoque em ecologia.
21
. Molecular Systematics
D.M.
HILLIS & C. MORITZ
Sinauer
Associates Inc., 1990.
Uma das mais importantes referências sobre o assunto. Há um capítulo
bastante completo de D. SWOFFORD intitulado "Phylogeny reconstruction"
sobre métodos e abordagens filogenéticas.
22 . The Fungi
M.J.
CARLILE & S.C. WATKINSON
Harcourt
Brace & Company, London, 1996.
Possui um capítulo intitulado "Genetic variation and evolution"
bastante interessante que discute o
complexo tópico da variabilidade e reprodução dos fungos, ponto fundamental a
se considerar quando se estuda genética de populações.
PÁGINAS
NA INTERNET
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
PHYLIP
é um pacote de programas para inferência filogenética de uso livre. Esta página,
mantida por Joe Felsenstein do Departamento de Genética da Universidade de
Washington, contém informações sobre o programa e a maneira de transferi-lo,
além da documentação. Embora não seja tão intuitivo quanto outros
programas, tem a grande vantagem de ser gratuito.
http://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.html
Os
irmãos David e Wayne Maddison são os responsáveis por esta página que é
chamada de TREE OF LIFE. Ela contém imensa base de dados que inclui as relações
evolutivas, fotografias e a história natural de todos os tipos de organismos
possíveis.
http://www.treebase.org/treebase/
Colocada
na Web em 1996 por Michael Donoghue da Universidade de Harvard e Michael
Sanderson da Universidade da Califórnia, é uma vasta base de dados que
pretende compilar dados morfológicos e genômicos de todas as árvores filogenéticas
publicadas.
Uma
discussão mais ampla e completa sobre as duas últimas páginas pode ser
encontrada em Web-crawling up the tree of life, Science, 273:568-570, 1996.